林风眠辞去北平校长后到杭州筹建艺术院并任校长，又是拜蔡元培鼎力支持。蔡元培提倡“以美育代宗教”，改造国民性;而林风眠在北京艺专提出美术是改造社会的利器，让学生走出画室到民间创作，与蔡元培不谋而合。蔡把林风眠当作教育思想上难得的忘年知己。为给林风眠壮声势，蔡元培亲自主持开学典礼，并题写校名，介绍自己的长女、油画家蔡威廉来当老师。典礼结束，蔡元培当晚就下榻在林风眠在西湖边的小木屋，而不去住已给他安排好的豪华旅馆新新饭店，一时成为新闻。蔡元培住了好几天，杭州各界名流要拜访他都得到林风眠家，这样就帮林风眠在杭州文艺界打开了局面。
　　杭州艺术院的建立，标志着我国独立艺术院校的开始。吴冠中，李可染，赵无极，董希文，席德进，苏天赐……林风眠直接培养出的学生撑起现代中国美术的半壁江山，他的教学理念和方法深深影响了一代艺术家，至今被美术教育界视为先进。他鼓励学生释放天性，口头禅是“画不出来，就不要画，出去玩玩。”“放松一点，随便些，乱画嘛。”后来成为着名美学家的洪毅然在艺专上学时绘画拘谨，林风眠劝他作画前先喝酒，这样就会狂热起来。
　　执掌校政的十年，是林风眠一生最辉煌的时光，在西湖边诗意的栖居也是他一生唯一一段安居乐业、享受天伦的日子。他在玉泉道亲自设计建造了一座二层小楼，室内壁橱、墙壁、天花板，清一色本色木板装饰，学生们形容这是西方小说里才有的建筑，周末他们就欢聚于此与他聊天。二楼是画室，除了最亲近的朋友学生没人可以上来，他常在此通宵创作，取一两幅满意之作，其余废弃一地，第二天早上由佣人扫走。园内遍植梅、桂、梧桐、凌霄，还有林风眠亲手培育的玉米、草莓等作物。今天这座小楼安详坐落于杭州植物园大门旁，吴冠中为老师的故居题写了匾额。