1925年冬、林风眠回国，由蔡元培推荐聘任林风眠为国立北京艺专校长兼教授。奉系军阀入据北京，林风眠倡导的艺术运动被扼杀，他愤而辞职。时值蔡元培在南京主持大学院，聘他为大学院艺术教育委员会主任委员，并负责筹办国立艺术学院事宜。1928年，国立艺术院在杭州西湖之畔建校，林风眠任院长，不久，艺术院改国立杭州艺专，林风眠改任校长，直至1938年。
　　在这13年中，他先后主持了当时仅有的两所国立艺专，把主要心血用在艺术教育和艺术运动上。但他仍在教学和教务之余创作了许多作品，这些作品以油画为主，兼作水墨画，并写了20余万字的论文、译文，力图从教育、理论、创作三方面推进美育和中国的艺术改造。能集中体现他的思想情感的，是油画《民间》 （1926）、《人道》（1927）、《痛苦》（1929）、《悲哀》（1934）等作品。
　　在这些作品里，热情的浪漫情调渐失，对现实社会人生的急切关心成为主旋律。《民间》描写的是街头集市的一隅：两个赤膊的农民愁苦地坐在地摊旁，背后流动着为生计奔波的熙熙攘攘的人群。迫塞的画面，流露出沉闷和压抑。这是一幅写实之作：刚刚回到祖国的林风眠，敏锐地感到了民间的困顿疾苦。
　　他在1957年曾谈及此画的创作，说：“我的作品《北京街头》（即《民间》）是当时的代表作，我已经走向街头描绘劳动人民。”“五四”时期，先进的文化人提出了“大众的、民间的文艺”等口号，但在绘画界实行的并不多。林风眠在 1927年组织的“北京艺术大会”，大搞展览与演出，目的是推进“艺术社会化”，幻想以艺术运动补文学运动之不足。他对“大众化”的理解，是要关注对大众的描绘，反映他们的处境和苦难，《民间》即尝试之一。他以艺专校长、留法名画家身份，带头描绘北京街头的贫民，正体现了“五四”精神。
　　林文铮是林风眠留法的同学，国立艺术院教务长，与林风眠最为相知。他这番评论不免有所发挥，但还是为我们了解林风眠的创作意图提供了依据。1929年，在上海法比联欢会举办的西湖艺术院“艺术运动社会”展览会上，林风眠展出了油画《痛苦》。林风眠回忆这件作品的创作时说：“这个题材的由来是因为在法国的一位同学，到了中山大学被广东当局杀害了。他是最早的党员，和周恩来同时在国外，周恩来回国之后到黄埔，这个同学到了中山大学。当时国民党清党，一下被杀了，我感到很痛苦，因之画成《痛苦》巨画，描绘的是一种残杀人类的情景。”
　　这里所说在中山大学被杀的同学，名熊君锐，是他的同乡。1923年他和林文铮到德国游学，就是熊君锐邀请的。熊信仰共产主义，曾担任中共旅欧支部负责人。林风眠创作《痛苦》，不完全是针对国民党“清党”这一历史事件，也表达他对人类自相残杀这一现象的痛心，即在主题上仍是《人道》的延续。因不见人道而呼唤人道，因见残杀而表达痛苦，痛苦所呼唤的仍是人道 这是林风眠的创作动机。
　　《悲哀》（1934年）是《人道》、《痛苦》的姊妹作。源自同一精神母题。画幅左侧的壮年男子，双手托着一死去的、骨瘦如柴的少年，右侧是两个悲痛的人肩抬着一裸体女尸。调子浓重，人物以粗壮的轮廓线勾出，似是借鉴了法国表现主义画家卢奥的画法，那沉滞的力感，使人觉得画家悲哀中，还含着一种愤怒。
　　林风眠这样赤裸裸地揭露人生痛苦和人的被杀戮，呼唤人道和爱，在中国美术史上是空前的。其精神意向，当属于以《狂人日记》为代表的“五四”启蒙文艺的大潮。这种揭露性的艺术出现在20年代晚期和30年代前期，和以珂勒惠支为旗帜的新木刻运动的揭露性有某种一致性。
　　不同的是，新木刻运动与政治上的左翼文化思潮和具体的社会革命目标联系着，林风眠的痛苦呼唤却只是出于近代人文主义和一个正直、爱国、具有悲天悯人之心的艺术家的坦诚心怀。恐惧木刻运动的国民党政府当局对林风眠的这些作品当然也不会欢迎。大约1931年左右，蒋介石偕夫人回奉化，路经杭州时，曾往艺专参观。他见到《痛苦》一画，就问林风眠是何意思，林说：“表现人类的痛苦。”蒋说：“青天白日之下，哪有这么多痛苦？”中国历史上，依靠屠杀上台的统治当局需要歌舞升平，是不愿看到真实人生的。
　　留学归来的林风眠，一心要复兴祖国的艺术，其在文化艺术界的地位不能说不高，又正当年少风华，何以有如此凝重的悲哀和沉郁？
　　这首先来自画家耳闻目睹的现实感受。“五卅惨案”、“三一八惨案”、“四一二上海大屠杀”、“四一五广州大屠杀”、“九一八事变”……这一切，不能不给年轻的画家以刺激。在法国时曾浮荡心头的浪漫幻想，很快熄灭了。辽阔的祖国大地，到处是不幸和残杀。1927年他被迫辞去北京艺专校长后发表《致全国艺术界书》，对当时的社会黑暗作了痛心疾首的描述：
　　这不正是产生林风眠创作心理的社会背景吗？
　　诚然不只这些。林风眠出生在一个石匠家庭，从小跟着爷爷凿石劳作，他对劳动人民的疾苦是了解并深怀同情的。另有两件事情对他的个性心理造成了深刻影响，一件事是1922年他父亲的去世，当时他正在巴黎只能独自悲痛。另件事是夫人罗达及幼婴的突然夭亡。林风眠伤痛之极，曾昼夜不睡，亲手在石面上为罗达镌刻了自撰的碑文。这一沉重的打击，给性格内向的林风眠留下了难以弥合的心灵创伤。他对人生痛苦画题的敏感与真诚，与这深层心理创痛是不会没有联系的。
　　前面说过，林风眠喜读书。据林文铮回忆，他在中学时除了对绘画的爱好，尤嗜诗词，受古典文化情感上的陶冶较深 这一点在他后来的绘画创作中也能够看出。留学法国和德国的五年里，他熟读了圣经、希腊神话和歌德、雨果、托尔斯泰、拜伦的作品，还接受了在当时欧洲及至“五四”前后的中国十分流行的康德、叔本华哲学思想的熏染。30年代在杭州艺专学习过的画家，有的还记得林风眠喜爱引用康德与叔本华的话来说明艺术审美。然而在叔本华那里，痛苦的人们无须为不公平抱怨，忍受宿命就可以了；林风眠则始终热爱自然和人生，始终抱着以艺术和美来拯救人类的理想不屈不挠地奋斗，追求着可能的美好生活。